エクセルにどうやってデータを移しますか?
センサーグラム上で右クリックからExport Curvesを選択するとTXTファイルのデータが保存できます。そちらをエクセルで開くと散布図で再描画できます。
装置についていないパソコンでデータを解析したいのですが、付属のソフトは装置以外のパソコンで使用が可能でしょうか?
追加ライセンスをご購入いただくことで、装置を接続していないPCでもご使用は可能です。システムご導入時には2ライセンスご購入いただいています。追加ライセンスの詳細に関しましてはお問い合わせください。
一対一のリガンドとアナライトの関係でなくても、フィッテイングが綺麗に出ることがあるのですが、その場合はどう解釈できますか?
1:1でなくともアナライトが1価であれば、1:1結合のアッセイとして扱うことができます。また、アナライトが多価の場合でも、固定化量を大幅に下げていただくことで、リガンドを架橋するような結合を極力なくすことで1:1結合の状態にすることができます。
結合様式が分からないものでやる事も多いのではないでしょうか?特に新しいものをやる場合。そういう時は、ビアコアは使用できませんか?
Biacore™で結合様式を判断することは困難です。選択したモデル式でフィットしたならばその結合様式と証明することはできません。構造学的なデータや超遠心分析などで何対何の結合であるか調べる必要があります。ただし、 1:1 bindingでフィッティングできるのであれば、一番変数の少ないモデル式ですので、1:1である可能性が高いと判断されるケースはあります。
1:1 binding以外の反応系でAffinity解析を行うときはどうすれば良いのでしょうか。
基本的にBiacore™のソフトはサポートしていませんが、モデル式として1:1以外を入れる機能はあります。得られた数値の信頼性検証を丁寧にする必要があります。
シングルサイクル法とマルチサイクル法でのKD Kd Kaを取るのあたって、二つの方法の違いで一番重要な事を教えてほしいです。
シングルサイクル(SC)法では、再生方法分からないケース、解離時間が長いサンプルでの時間短縮、キャプチャー法でのリガンド消費量を抑えるなどのメリットがありますが、Hisキャプチャー法などでリガンドが外れやすい場合、SC法のほうがドリフトの影響を受けやすいので気を付けてください。アフィニティー解析の場合はマルチサイクル法を使用する場合が多いです。
実測Rmaxが理論Rmaxを超えている際は,非特異的な結合があるという認識なのでしょうか。この見方はX100でやったことなかったです。
実測Rmaxが理論Rmaxを超えている際は、その結合が部位特異的ではなく、目的部位以外にもアナライトが非特異的に結合してしまっている場合や、そもそも結合様式が異なっている場合があります。
やむを得ず2価の分子をアナライトに用い、bivalent modelで解析する場合、リガンドの固定化量によってavidity効果が異なるように思うのですが、試験結果に影響するでしょうか? 影響する場合、どのように実験条件を設定すべきでしょうか?
Bivalent Analyteでは、Avidity環境の相互作用データから、片手で結合したと考えられるka1、kd1を算出するモデル式です。したがってka1、kd1が支配的な測定環境、すなわち、固定化量を下げた条件で測定を行っていただきます。
Kinetics解析の結果、アナライトの結合、解離後に、再びRUが上昇してしまうトラブルが発生しています。どのような原因jが考えられるでしょうか!!よろしくお願いします。
別途回答させていただきます。お手数ですがtech-jp@cytiva.comまで問題となっているセンサーグラムデータをお送りいただけますでしょうか?
センサーグラムを平衡に達する様に調製するときは、Rmaxがどれくらいになるように抑えれば良いでしょうか?
一般的にカイネティクス解析ができるセンサーグラムに対してアフィニティー解析をする必要はありませんが、もし、そのようなセンサーグラムで各濃度平衡値まで達するようにするには、添加時間を延ばすことが必要です。その結果アフィニティー解析でKD値のみを求めることができますが、その場合はRmaxを特段抑えた固定化量にする必要はありません。
高分子に2つ以上の低分子が結合するケースでKDを算出したい場合は、どちらを固定化する方が適切でしょうか?
こちらのケースでは高分子を固定化してください。1価と多価の分子の場合、多価の分子を固定化します。また、1:1の場合でも高分子と低分子の場合、高分子を固定化したほうが、結合部位がブロックされるリスクが小さいです。
高分子上の結合部位が等価である場合、1:1 bindingをご使用ください。等価でない場合、Heterogenious Ligand Model をお使いいただきます。異なる低分子が結合する場合、ABAインジェクションが使える機種では、片方の結合部位をブロックした上で、測定を行うことも可能です。