お客さまの声・データ紹介 - GenomiPhi™
海底泥中のDNAのクローニング
フォロー理由
目的のゲノムの増幅量が非常に少ない
フォロー状況
出発材料中に混入している目的外のDNAが1pg以上あれば、目的のゲノムと一緒に増幅されている危険はあり、結果的に目的の増幅量が少なくなってしまっている可能性があります。
出発材料をシングル化することができないのであれば、それを考慮して次のアプリケーションに利用することを考えていただいています。
また、別の海底泥中のDNAを使って実験を行った場合もDNA増幅が確認できなかったようです。そこで、使用しているDNAサンプル濃度が低い可能性もあるため、GenomiPhi™反応をスケールアップしてDNAサンプルの添加量を増やした反応を検討することを考えていただいています。さらにDNAサンプル中に反応阻害物質が混入している可能性もあるということでしたので、その阻害物質を希釈するためにDNAサンプルを希釈して反応液に添加する方法も提案いたしました。
出発材料
海底泥中のDNA（由来生物は不明）
GenomiPhi™増幅産物を使用したアプリケーション名
クローニング
実験方法
1. GenomiPhi™使用ステップ
（A）使用機器・試薬
（B）プロトコール
- 瀬戸内海香川県沿岸（水深6ｍ）の底泥。深さ15-18cmおよび24-27ｍの層
- ultra clean soil DNA Isolation KitでDNA抽出1 µlをGenomiPhi™にて増幅
2. その後のアプリケーションのステップ
（A）使用機器・試薬
（B）プロトコール
結果
（下記画像をクリックすると拡大表示されます）
| (１) sample1： |
深さ15-18 cmの泥0.4 g(wet)からUltra Clean Soil DNA IsolationKit（Mo Bio）を用いてDNAを抽出したもの |
| (２) sample2： |
深さ24-27 cmの泥0.4 g(wet)からUltra Clean Soil DNA IsolationKit（Mo Bio）を用いてDNAを抽出したもの |
| Lane1： |
Sample1 5 µl |
| Lane2： |
Sample1を20倍に希釈したもの1 µl |
| Lane3： |
Sample1 1 µlをGeminiPhi DNA Amplification Kitに加えて増幅させたもの、1 µl |
| Lane4： |
Sample2 5 µl |
| Lane5： |
Sample2を20倍に希釈したもの1 µl
|
| Lane6： |
Sample2 1 µlをGeminiPhi DNA Amplification Kitに加えて増幅させたもの、1 µl |
| Lane7： |
control DNAを20倍に希釈したもの1 µl（0.5 ng） |
| Lane8： |
control DNA 1 µl GeminiPhi DNA Amplification Kitに加えて増幅させたもの、1 µl |
| Lane9： |
Lane8を10倍に希釈したもの、1 µl |
結果に対するコメント
増幅は認められたがクローニングに十分な量には至っていない。理想的にはレーン5→レーン6でバンドが見えるくらいに増幅して欲しい。
