組換えタンパク質の精製は、発現系（直接発現系、融合発現系）によって手法が異なります。融合発現系の場合、タグを用いたアフィニティークロマトグラフィーでの精製が行われています。発現タンパク質が著しく難溶性である場合には精製が困難で、変性剤で可溶化したうえで、イオン交換クロマトグラフィーやゲルろ過クロマトグラフィーなどのいくつかの手法を組み合せます。
タグの目的物への影響を避けるためには、タグを用いない直接発現系による精製を行います。その場合、基本的な4種類のイオン交換、疎水性相互作用、ゲルろ過、アフィニティークロマトグラフィーの手法を組み合せて、分離条件を検討する必要があります。